Ich würde so vorgehen:
Mit dem Mailstore Portable Stick einen Export aller Mails im .EML-Format in ein Verzeichnis vornehmen.
Mit der neuen Mailstore-Home Installation diese Dateien wieder aus dem Ordner importieren.
Einen ähnlichen Weg gibt es hier: Artikel: Archivübertragung MailStore Home zu MailStore Server